In die Gruppe der binären Formate fallen des Weiteren auch die meisten Plugins für Notations- oder Sequenzersoftware wie z. B. das Sibelius Plugin Interface, das Finale Plugin Interface, Capellas internes Format, das SCORE-Format, Tillia (Format von Lime), sowie die Formate von Music Publisher und Noteworthy 2.

Bei NIFF, einem der ersten Standardformate für Musiknotation handelt es sich ebenfalls um ein binäres Format. NIFF steht für ›Notation Interchange File Format‹ und wurde von Projektleiter Prof. Alan Belkin (Montreal) und seinem Team entwickelt und im Herbst 1995 verabschiedet. Es handelt sich um ein standardisiertes Format für die Repräsentation von Standard-Musiknotation. Des Weiteren soll durch das NIFF-Format ein Austausch zwischen Anwendungen unterschiedlicher Hersteller von Notations-, Editions- und Scansoftware ermöglicht werden. Das Format ist sehr flexibel und ermöglicht vom einfachen Notensatz mit minimaler grafischer Information bis zur komplexen Seitengestaltung viele verschiedene Gestaltungsmöglichkeiten. Die Information in einer Datei wird im NIFF-Format in drei unterschiedliche Komponenten unterteilt: logische, grafische und Performance (›MIDI‹) Information. Die grafische Information ist zudem in Informationen, die das Seitenlayout betreffen, und andere unterteilt. Zwingend notwendig ist nur die logische Information. Wenn die vollständige grafische Information ebenfalls vorhanden ist, kann das die Datei einlesende Programm selbst entscheiden, ob diese Information verwendet wird oder nicht. Wenn keine grafische Information in einer NIFF-Datei gespeichert wurde, muss das Programm selbst den grafischen Output erzeugen. Es wurde auf höchstmögliche Offenheit geachtet: »It is recommended that the user of the NIFF writing and reading programs be given as much control as possible. The user should decide the level of detail stored in the file by the writing program, and the degree of freedom used in interpretation by the reading program.«⁶²

Eine kleine Revision NIFF 6b, die von Jeff Thompson, Autor von Niffty, erarbeitet wurde, ist seit Juni 2002 verfügbar, wird allerdings nach Aussage des Projektleiters Belkin nicht weiterentwickelt:⁶³

»It is important to realize that NIFF is not an ongoing project in the sense that a coordinated group of people is constantly devoting time to maintaining it. […] This is to say that, barring unforseen developments, NIFF itself is not likely to further evolve in major ways. […]
That said, the spec is complete, and has been used in several projects (commercial and accademic) with some success.«

Neben NIFF und den bereits erwähnten proprietären Notationsformaten der Softwarehersteller existiert unter anderem noch RMF (Rich Music Format). Bei RMF handelt es sich um ein Format von Beatnik, das verschiedene Audioformate (vgl. dazu Abschnitt 12.4) wie z. B. WAV, AU AIFF, MP3 oder auch MIDI enthalten kann. Mit RMF lassen sich die Daten verschlüsseln und gleichzeitig MIDI- und Audiodaten speichern. Daher macht dieses Format Sinn, wenn man zu MIDI-Events die entsprechenden Sounds mitliefern möchte. Als nachteilig erweist sich allerdings,