Grundlage dieser beiden Strukturebenen wird in der time-span reduction für die Tonhöhen ein Baumdiagramm der relativen strukturellen Wichtigkeit erstellt. In der prolongational reduction schließlich geht es ebenfalls um die Tonhöhenorganisation, doch hier werden die Beziehungen zwischen den Elementen untersucht, ihr Zusammenhang und ihre Entwicklung sowie ihr harmonisch-melodischer Wert in bezug auf Spannung und Entspannung.
Innerhalb jeder dieser Strukturanalysen kommen zwei verschiedene Regeltypen zur Anwendung: Der erste bringt mögliche /"grammatische" Strukturen hervor (= well-formedness rules), und der zweite wählt aus den möglichen Strukturen jene aus, die beim erfahrenen Hörer am wahrscheinlichsten als mentale Organisationen der Komposition entstehen (= preference rules). Mit dem letzten Regeltyp tragen die Autoren ihrer Feststellung Rechnung, daß in der Musik häufig für dieselbe Passage unterschiedliche strukturelle Interpretationen möglich sind, von denen erfahrene Hörer möglicherweise bestimmte bevorzugen. Dies gilt es zu erklären.

Die allgemeine Idee der Theorie von Lerdahl/Jackendoff kann man sich noch einmal anhand von Abbildung 32 vergegenwärtigen. Ein dritter Regeltyp - die transformational rules - kann Abweichungen (z.B. Auslassungen) von der hierarchischen Struktur der von den well-formedness rules erzeugten Analysen bewirken. Er spielt allerdings im Gegensatz zu den Transformationsregeln, die in der gTG zur Anwendung kommen, eine geringere Rolle.

Abb. 32: Schematische Darstellung der Theorie von Lerdahl/Jackendoff (ebd., S. 10)